在MATLAB中，可以使用以下方法通过程序控制Simulink的仿真运行：
使用sim函数
在MATLAB命令窗口中，可以直接使用`sim`函数来运行Simulink模型。例如：
```matlab
sim（'your_model.slx'）
```
其中`'your_model.slx'`是你的Simulink模型的文件名。
使用simset和simget函数
`simset`函数用于设置仿真参数。例如：
```matlab
simset（'仿真时间', '10'）； % 设置仿真时间为10秒
```
`simget`函数用于获取仿真参数。例如：
```matlab
disp（simget（'仿真时间'））； % 显示当前仿真时间
```
使用MATLAB Function模块
在Simulink模型中，可以插入MATLAB Function模块，并在MATLAB的M文件中编写函数来控制仿真流程。例如，在M文件中编写：
```matlab
function y = my_function（t, x）
% 控制仿真流程的代码
end
```
然后在Simulink模型中添加该模块，并设置输入和输出端口。
使用C调用MATLAB引擎
可以使用C中的MATLAB Engine API来调用MATLAB并控制Simulink。这需要安装MATLAB Compiler SDK，并在C项目中添加相应的引用。例如：
```csharp
using MathWorks.MATLAB.NET；
// 创建MATLAB引擎实例
m = new MatlabEngine（）；
// 调用Simulink模型
m.Execute（"sim（'your_model.slx'）"）；
// 关闭MATLAB引擎
m.Dispose（）；
```
使用GUI控制
可以使用Simulink的GUI来控制仿真。例如，使用`simset`函数设置参数，或使用`simget`函数获取参数。此外，还可以使用Simulink的调试工具（如`sldebug`）来调试模型。
通过以上方法，可以在MATLAB中通过程序控制Simulink的仿真运行。选择哪种方法取决于具体的应用场景和需求。