如果招标程序不合规，可以采取以下措施进行处理：
提出异议
根据《招标投标法》第六十五条规定，投标人和其他利害关系人认为招标投标活动不符合本法有关规定的，有权向招标人提出异议。
投诉
如果投标人或其他利害关系人提出异议后，招标人未在规定期限内答复或对答复内容不满意，可以依法向有关行政监督部门投诉。
行政监督部门责令改正
根据《招标投标法实施条例》第六十四条和《国家投资工程建设项目招标投标条例》第四十二条等规定，行政监督部门可以责令招标人改正，并根据情节轻重处以罚款，对单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
重新招标
如果招标程序不合规情节严重，导致招标无效，行政监督部门会责令招标人重新进行招标。
赔偿损失
招标人因违反招标程序给潜在投标人或投标人造成损失的，应当赔偿损失。
法律责任
投标人如果有串通投标、行贿等违法行为，将承担相应的法律责任，包括取消投标资格、没收违法所得、处以罚款，甚至追究刑事责任。
记录不良信用
对于严重舞弊行为者，将会被纳入不良信用记录名单，并取消未来一定期限内参与依法必须进行招标的项目的投标资格。
审计监督
经济责任审计要求关注领导干部任期内重大经济决策情况，包括招投标环节，加强对招投标的审计监督可以发现并处理不合规现象。
通过以上措施，可以有效地处理招标程序不合规的问题，维护招投标活动的公平、公正和透明。