出口果苗的程序包括以下几个主要步骤：
前期准备
了解目标市场的进口法规、检疫要求及质量标准。
准备出口合同与发票，明确树苗的品种、数量、价格、交货期等条款。
办理出口许可证，部分树苗品种可能需要提前申请。
商检流程
提交商检申请，提供出口合同、发票、装箱单、出口许可证等相关文件，并说明树苗的品种、数量、产地、包装等信息。
现场检验检疫，包括病虫害检查、品种鉴定、包装检查等，企业需配合检验检疫人员的工作。
领取商检证书，该证书是树苗出口的重要凭证之一。
报关流程
准备报关资料，包括出口合同、发票、装箱单、商检证书、出口许可证、提单等，并填写出口货物报关单。
提交报关申请，可通过电子口岸或委托报关公司向海关提交。
缴纳税费，凭海关开具的缴款通知书到指定银行缴纳关税和国内税。
其他相关手续
办理《对外贸易经营许可证》。
对于生产企业，需办理《出口果树苗生产企业备案证明》和《果园注册》。
对于一般贸易公司，需在县市商务局办理《对外贸易经营者备案登记表》，在海关办理《中华人民共和国海关报关单位注册登记证书》和IC卡，在外汇管理局办理相关手续。
若企业从事自营出口贸易，需取得上述相关资质。
运输与装船
提前2-3天将货物运送到指定的码头堆场。
正式向海关申报，海关审结后，如无查验可直接上船。
后续工作
结费，出提单，完成境内出口清关工作。
如涉及濒危物种，可能需要提供额外的健康证明或原产地证明。
建议：
在整个出口过程中，建议委托专业的国际货运代理公司协助办理报关、商检等手续，以确保流程顺利进行并符合相关法规要求。