联合行文的程序主要包括以下几个步骤：
公文拟制
公文应当经本机关负责人审批签发。重要公文和上行文由机关主要负责人签发。
党委、政府的办公厅（室）根据党委、政府授权制发的公文，由受权机关主要负责人签发或者按照有关规定签发。
签发人签发公文，应当签署意见、姓名和完整日期；圈阅或者签名的，视为同意。
联合发文由所有联署机关的负责人会签。
会签
联合行文的各机关部门必须是同级的。
对于共同贯彻执行有关方针、政策或兴办某些事业，联合行文是非常有利的。
几个平行机关或部门联合行文，应将相对应的各机关都列为主送机关。
联合行文应当确有必要，且单位不宜过多。联合行文，只标明主办机关的发文字号。
审核与签发
两个或两个以上机关联合行文时，必须经过的一道程序是会签，使各机关或部门领导人均履行签发手续。
审核是联合行文的一个重要环节，确保公文内容准确无误。
签发是联合行文的最后环节，由所有联署机关的负责人签署，表明公文已经得到各机关的批准。
用印
联合行文时，应将主办机关印章排列在前，其他联合单位印章按照发文机关标识的顺序依次排列。
印章之间排列整齐、互不相交或相切，每排印章两端不得超出版心，首排印章顶端应当上距正文（或附件说明）一行之内。
成文日期署最后签发机关负责人的签发日期。
办理程序
对外单位主办的联合行文及外来会签公文的办理程序，应当由各级地税机关办公室提出拟办意见交有关部门办理。
本机关主办部门对来文应当按办文程序提出会签意见，报机关负责人审签后，将会签文稿复印一份备查。
如无不同意见，由机关负责人签署姓名和日期；如有修改意见，应当在来文中进行修改，并征得来文单位同意后，由机关负责人签署姓名和日期。
通过以上步骤，可以确保联合行文的过程规范、有序，并符合相关法律法规的要求。