程序违法案件的处罚方式主要依据违法程度、造成的后果以及具体法律规定而定。以下是可能的处罚方式：
确认违法但不撤销行政行为
对于程序轻微违法且对原告权利不产生实际影响的案件，法院可以根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十四条的规定，判决确认违法，但不撤销行政行为。
撤销或部分撤销行政行为
若程序违法较严重，法院可以判决撤销或部分撤销违法的行政行为，并要求被告重新作出具体行政行为。这一做法依据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条。
责令改正
对于违反法定程序实施行政处罚、行政许可或行政强制的案件，上级行政机关或有关部门可以责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
承担赔偿责任
若程序违法给当事人造成损失，行政机关应当依法承担赔偿责任。
行政处分
对于程序违法的法官或其他司法工作人员，可以根据情节轻重给予降职、撤职等行政处分，严重者可能追究刑事责任。
重新鉴定
在某些特定情况下，如涉及鉴定程序违法，法院可以判决重新鉴定。
发回重审
在刑事诉讼中，若原审法院违反法定程序，二审法院可以裁定撤销原判，发回原审人民法院重审。
综上所述，程序违法案件的处罚方式多样，具体处罚措施取决于违法情节的严重程度及其对当事人权益的影响。法院在审理案件时，应严格遵循法定程序，确保行政行为的合法性。