在辩护过程中，如果发现程序违法，处理方式主要依据违法发生的阶段及严重程度而定：
审判阶段发现程序违法
可能重审：如果程序违法在审判阶段被发现，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百三十八条的规定，第二审人民法院应当裁定撤销原判，发回原审人民法院重新审判。
侦查或审查起诉阶段发现程序违法
补充侦查：侦查机关可能需要进行补充侦查，以纠正违法的程序。
排除非法证据：如果程序违法涉及非法证据，应当予以排除。
检察院发现辩护律师的违法行为
通报处理：根据《人民检察院刑事诉讼规则》，检察院发现辩护律师在刑事诉讼中违反法律、法规或者执业纪律的，应当及时向其所在的律师事务所、所属的律师协会以及司法行政机关通报。
庭审过程中发现程序违法
律师应指出并要求纠正：律师在庭审过程中发现审判程序违法的，应当向法庭指出并要求予以纠正。
建议
及时指出：辩护律师在发现程序违法时，应及时向法庭或相关机关指出，并提供相应的证据和法律依据。
专业应对：辩护律师应具备专业法律知识，能够准确识别程序违法，并采取适当的措施进行辩护。
保持沟通：与公诉人、法官及其他诉讼参与人保持良好沟通，以便在法庭上有效应对程序违法问题。
通过以上措施，可以确保程序违法得到及时纠正，保障司法公正和被告人的合法权益。