招标代理程序手册通常应包含以下几个主要部分：
前言
手册的目的和适用范围
相关定义和术语
招标代理业务前期准备
业务部门与业主的初步接触和沟通
意向业主的筛选和评估
确认招标项目的合法性和可行性
招标代理合同管理
招标代理合同的签订流程
合同条款的协商和编制
合同评审和审批流程
合同的存档和管理
招标项目准备工作
招标文件的编制（包括招标公告、投标人须知、投标文件格式等）
资格预审文件的编审
投标邀请书和招标文件的发送
招标过程管理
投标文件的接收和初步审查
开标流程（包括开标室确定、评标专家抽取、唱标等）
评标和定标流程
中标结果的公示和通知
招标后期管理
招标资料的整理和归档
投标保证金的收取和管理
合同履行的监督和管理
结算流程
招标代理服务费的结算方式和流程
发票和财务记录的整理
附则
相关法律法规和政策文件
招标代理机构的资质和人员要求
手册的更新和维护
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目录
1. 前言
1.1 手册目的和适用范围
1.2 相关定义和术语
2. 招标代理业务前期准备
2.1 业务部门与业主的初步接触
2.2 意向业主的筛选和评估
2.3 确认招标项目的合法性和可行性
3. 招标代理合同管理
3.1 招标代理合同的签订流程
3.2 合同条款的协商和编制
3.3 合同评审和审批流程
3.4 合同的存档和管理
4. 招标项目准备工作
4.1 招标文件的编制
4.2 资格预审文件的编审
4.3 投标邀请书和招标文件的发送
5. 招标过程管理
5.1 投标文件的接收和初步审查
5.2 开标流程
5.3 评标和定标流程
5.4 中标结果的公示和通知
6. 招标后期管理
6.1 招标资料的整理和归档
6.2 投标保证金的收取和管理
6.3 合同履行的监督和管理
7. 结算流程
7.1 招标代理服务费的结算方式和流程
7.2 发票和财务记录的整理
8. 附则
8.1 相关法律法规和政策文件
8.2 招标代理机构的资质和人员要求
8.3 手册的更新和维护
```
每个部分应详细描述具体的工作流程、责任部门、输出结果和注意事项，以确保招标代理工作的规范性和高效性。