处理翻板门程序错乱的问题，可以尝试以下步骤：
重新设置程序
对于上轨道翻版电动门，不需要撤销之前的程序，而是需要重新进行设置。这样可以使程序恢复正常，并且与遥控器无关。程序中的行程是由后期二次编入的，因此需要确保这一部分的设置正确。
检查电池
遥控器失灵可能是因为电池电压不足。通常，当电池电压低于10v时，遥控器将无法正常工作。确认使用的电池是12v27a还是12v23a，并确保电池电压在正常范围内。
更换遥控器电池
如果遥控器电池电量不足，及时更换新电池可能有助于解决问题。遥控器是易损件，建议定期检查并更换电池，以确保其正常工作。
检查遥控器类型
确认使用的遥控器类型，一般常见的遥控器类型包括315MHz和433MHz。如果使用的遥控器不匹配，需要更换为相应的遥控器。
自动运行设置
对于某些型号的翻板门，如西赛德600或部分小电机，可能不带自动运行功能。如果需要设置自动运行，可以按照以下步骤操作：
按下设置键3秒。
按开门到限位，然后按下设置键。
按关门到位后，再次按下设置键，完成自动运行的设置。
通过以上步骤，应该能够解决翻板门程序错乱的问题。如果问题仍然存在，建议联系专业的维修人员进行进一步的检查和维修。