小程序商城的扣税方式主要涉及以下几个方面：
增值税
小程序商城的销售收入需要按照一定的比例缴纳增值税。根据《增值税暂行条例》和相关法规，混合销售额的增值税率为6%。
商家在销售商品或提供服务时，所获得的收入都需要缴纳增值税。无论是线下实体店还是在线电商平台，包括小程序商城在内的所有销售渠道都适用这一规定。
个人所得税
如果商家通过小程序商城开展经营活动获得收入，并且达到了纳税起征点，就需要根据《个人所得税法》的规定纳税。
缴税是按收入的比例来缴纳的，但实际上很多企业是按发票金额缴税的。
其他相关税收
如果有增值税，还会有附加税，如城建税等。具体税率和附加税的计算需要参照当地的相关规定。
发票管理
商家产生的交易，发票是由入驻商家开具的。不开发票不交税，因此商家需要保证每笔进出款都有依有据，依法交税。
扣缴义务
根据“谁发钱谁就是扣缴义务人”的原则，小程序商城平台需要为其平台上的交易扣缴个人所得税。具体的税率和扣缴方式可以参考相关税法规定和平台规定。
建议
合规经营：商家应严格遵守国家税收法规，确保每笔交易都有发票，依法申报缴纳增值税和所得税。
财务管理：建立完善的财务管理制度，确保每笔进出款都有记录，便于税务审计和申报。
税务咨询：如有疑问，建议咨询专业的税务顾问或当地税务部门，以获取准确的税务指导和优惠政策。
通过以上措施，小程序商城可以确保合法合规地进行税务处理，避免因逃税漏税而带来的法律风险和经济损失。