防止程序被反编译可以采取以下几种方法：
代码混淆
对代码进行混淆以增加阅读难度，例如修改函数名、变量名，以及添加无意义的代码和注释等。
使用专业的代码混淆工具，如ProGuard、Allatori等，这些工具可以自动进行代码优化和混淆。
资源加密
对程序中的资源文件（如图片、音频、视频、配置文件等）进行加密，确保这些资源在程序运行前无法被轻易读取。
在程序启动时对资源文件进行解密，确保资源在运行时可以被正确加载。
使用防篡改技术
在程序中添加检测机制，确保程序在运行时未被篡改。
使用数字签名技术对程序或关键模块进行签名，确保程序在运行时验证签名，若签名不匹配则拒绝执行。
隔离运行环境
将关键代码或数据放在安全容器中，如使用CBS赛博锁将应用和数据内嵌到操作系统中，实现最后一米数据安全。
通过服务器端提供服务，客户端通过接口访问，而不是直接访问Class文件或库文件。
转换为本地代码
将Java程序或关键模块转换成本地代码，如使用JNI技术调用本地代码，这样可以提高反编译的难度。
对本地代码进行数字签名和认证，确保代码在运行时未被修改。
使用加固工具
使用专业的加固工具，如易盾、DexGuard等，这些工具可以对APK、JAR包、SO文件等进行加固，防止被静态反编译。
加固工具通常包括代码混淆、资源加密、防篡改检测等功能。
法律手段
在程序交付时与客户签署版权和反编译限制协议，增加法律层面的保护。
通过综合运用以上方法，可以大大提高程序的安全性，防止被反编译和恶意篡改。建议根据具体应用场景选择合适的保护措施，并进行充分的测试和验证。