和解程序违法时，可以采取以下措施进行处理：
行政处罚违法
有权机关应当依照规定的程序实施处罚；不遵守法定程序的，行政处罚无效。
有权机关在作出行政处罚决定之前，不依法向当事人告知给予行政处罚的事实、理由和依据，或者拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。
有权机关实施行政处罚，违反法定的行政处罚程序的，由上级行政机关或者有关部门责令改正，可以对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
行政许可违法
申请破产前的和解违法对违反法定程序作出准予行政许可决定的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，可以撤销行政许可。
行政强制违法
有权机关违反法定程序实施行政强制，由上级行政机关或者有关部门责令改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
行政复议违法
复议机关对违反法定程序的行政处罚，可决定采取“撤销、变更或者确认该具体行政行为违法；决定撤销或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为”方式处理。
执行和解违法
案件胜诉进入执行程序后，双方仍然可以达成和解，也就是执行和解。执行和解分为双方私下自行达成与经过法院调解达成和解两种情形。
经法院调解达成执行和解协议生效后，执行程序中止。申请人原来申请法院对被执行人采取的查封、扣押、冻结等强制执行措施，可以不予解除，也可以根据双方协商由申请人向法院申请解除。
当申请人根据达成的执行和解协议向法院申请撤回执行申请的，法院应做出终结执行的裁定。
当被执行人违反执行和解协议的，申请人有两种救济手段：第一，就双方达成的执行和解协议另行向法院提起诉讼；第二，申请法院恢复原来的强制执行。
民事调解书违法
民事调解书违法可以不签字，也可以申请再审。调解协议是自愿达成的，在调解书送达当事人之前，当事人仍然有机会考虑是否接受。如果当事人不同意调解的，由法院继续进行审理作出判决，所以不产生当事人对调解不服的问题，不允许当事人上诉。
调解书生效以后，诉讼程序也就随之结束了，当事人之间有关权利义务的争议也就确定下来，当事人不能再就同一事实对同一被告再次起诉。
在调解实践中，调解书生效以后，如果调解书违反了自愿原则或者调解协议有违法的内容，当事人仍可以申请再审。法院经审查认为确有错误的，报院长批准，依照审判监督程序处理；如果没有错误，法院应说明驳回申诉申请的理由，当事人就必须按照调解书履行自己的义务。
建议：
行政处罚和行政许可违法：当事人可以申请复议或提起行政诉讼，要求上级行政机关或有关部门责令改正。
行政强制违法：当事人可以申请复议或提起行政诉讼，要求上级行政机关或有关部门责令改正。
行政复议违法：当事人可以申请复议或提起行政诉讼，要求复议机关重新审查并作出决定。
执行和解违法：当事人可以根据执行和解协议的内容选择申请再审或另行提起诉讼。
民事调解书违法：当事人可以申请再审，要求法院重新审理并作出判决。
以上内容仅供参考，具体操作应根据具体情况和法律规定进行。如有需要，建议咨询专业律师。