未按程序施工的处罚措施主要包括以下几点：
责令改正 ：安全监督管理部门会要求施工单位立即纠正其不规范的施工行为。罚款
对于未取得施工许可证擅自施工的行为，建设主管部门可以对建设单位处以工程总造价0.5%至2%的罚款。
对于未按规定办理施工许可证擅自施工的，建设主管部门可以责令停止施工、限期改正，并视情节轻重处以工程合同价款1%以上2%以下的罚款。
对于未取得施工许可证或者开工报告未经批准擅自施工的，可以处以罚款。
赔偿损失：
施工单位若因未按程序施工导致工程质量不符合规定标准，需要负责返工、修理，并赔偿因此造成的损失。
停业整顿：
在情节严重的情况下，施工单位可能会被责令停业整顿，降低资质等级或者吊销资质证书。
行政处分：
对于发证机关及其工作人员在不符合施工条件的情况下颁发施工许可证的行为，相关责任人员将受到行政处分。
综上所述，未按程序施工的处罚措施涵盖了责令改正、罚款、赔偿损失、停业整顿和行政处分等多个方面，具体处罚措施将根据违法行为的性质和情节轻重来决定。建议施工单位严格遵守施工程序，以避免上述处罚。