小程序收益上税的方式主要取决于收益的类型和具体情况：
小程序转让
如果小程序是通过转让而获得收益，那么应按照资产转让的相关规定进行交税。
小程序交易收入
通过小程序实现的收入，需要按照正常的收入交税。
货物销售
如果小程序涉及货物销售，则增值税率为13%，并且可能涉及附加税（如城建税等）。
服务收入
如果小程序提供的是服务，则根据服务的性质可能适用不同的税率。例如，微信小程序入驻商家的混合销售额的增值税率为6%。
资金流入
资金进入公户后，工作室需要对这笔资金进行合理管理。如果工作室仅作为中介代收款项再转给甲方，且没有从中获取额外收入，可能无需缴税，但需确保资金流向清晰。
若工作室从中获取了服务费或其他收入，则需按税务规定缴纳相应的增值税和个人所得税。
发票开具
发票的开具也影响税务处理。商家产生的交易，发票应由入驻商家开具。如果不开发票，则可能不交税。
税务登记
无论是个人还是企业，都应当进行税务登记，并按照相关税法规定申报缴纳相应的税款。
建议
明确收益类型：首先需要明确小程序收益的具体类型，是货物销售、服务收入还是其他形式。
了解相关税法：根据收益类型，了解适用的税率和税务规定。
合理管理资金：确保资金流向清晰，合法合规，避免因资金问题引发税务风险。
依法开票：按照规定开具发票，确保交易的透明度和合法性。
及时申报纳税：按时申报并缴纳相应的税款，避免逾期带来的不必要的罚款和麻烦。
通过以上步骤，可以确保小程序收益的合法合规上税，避免潜在的法律风险。