违反程序办案的处理方式主要依据案件性质的不同而有所区别。以下是几种常见情形的处理方法：
民事诉讼
当事人、刑事公诉案件的被害人及其法定代理人，如不服地方各级人民法院的第一审判决或裁定，有权向上一级人民法院提起上诉。
刑事诉讼
被告人、自诉人及其法定代理人，可以向上级法院提出上诉。对判决不服的上诉期为十五日，裁定为十日。
被告人的辩护人和近亲属，在得到被告人同意的前提下，也可以提出上诉。
上级法院在接到上诉材料后，会进行审查并决定是否受理。如果决定受理，法院将组成合议庭对案件进行审理，并可能作出改判或发回重审的决定。
行政诉讼
公民、法人或其他组织如认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权向人民法院提起诉讼。
行政机关及其工作人员不得干预、阻碍人民法院受理行政案件。被诉行政机关负责人应当出庭应诉，不能出庭的，应当委托行政机关相应的工作人员出庭。
行政处罚
人民法院对违反法定程序的行政处罚，可以判决撤销或部分撤销，并可能要求相关部门重新作出具体行政行为。
行政机关在重新作出具体行政行为时，不得使用同一的事实和理由作出与原具体行政行为基本相同的行为。
内部纪律处分
对于违反程序办案的警察或其他公职人员，其所在机关会依据相关规定进行处分，如党内严重警告处分、调离原单位等。
建议
当事人：在发现自己权益受到侵害时，应及时向上级法院或相关监督部门提出申诉或上诉，以维护自身合法权益。
办案人员：应严格遵守法律法规和办案程序，确保案件处理的合法性和公正性，避免因程序违法而受到处分。
监督机关：应加大对办案过程的监督力度，及时发现并纠正程序违法行为，维护司法公正和法律权威。