面对建设程序混乱的问题，可以采取以下策略进行处理：
提前规划
在项目启动阶段，对项目所需的施工手续进行全面梳理，制定详细的办理计划。
加强与相关部门的沟通，及时了解手续办理的最新政策和要求，确保手续顺利办理。
考虑委托专业的咨询机构或律师事务所协助办理手续，确保流程合规且高效。
查明事实
对于工程建设程序违法的情况，首先应查明事实，明确违法的具体内容和程度。
根据相关法律法规进行处理和处罚，可能包括责令停止建设、限期改正、罚款、没收实物或违法收入等。
协调与沟通
组织跨部门会议，讨论和解决部门之间协作不顺畅的问题。
通过成立专门小组或调整公司组织架构，明确各部门职责和权限，提高工作效率。
制定流程
编写和修订部门职能手册，明确每个部门的职责和工作流程。
设计合理的工作流程，确保各个环节顺畅，减少不必要的延误和混乱。
监督与执行
设立监督机制，确保各项手续和流程按照既定计划执行。
对于违规行为，及时进行纠正和处理，确保项目顺利进行。
通过以上策略，可以有效解决建设程序混乱的问题，提高项目管理效率，确保项目按时完成。