当发现查封程序存在违法情况时，可以采取以下措施进行处理：
提出申诉或控告
当事人和辩护人、诉讼代理人、利害关系人对于司法机关及其工作人员在查封程序中的违法行为，有权向该机关申诉或控告。
申请国家赔偿
如果查封措施被认定为违法，并且给当事人造成了损失，可以依据《国家赔偿法》向赔偿义务机关提出赔偿请求。赔偿义务机关应当是作出查封措施的侦查机关。首先应当写一份书面赔偿申请书，并将其递交给赔偿义务机关。赔偿义务机关在法律规定的期限内应作出是否赔偿的决定。
寻求法律救济
如果赔偿义务机关不予赔偿或处理结果不满意，可以向上一级国家机关提出复议。如果复议结果仍不满意，可以向复议机关同级的法院赔偿委员会提出赔偿申请。在这一过程中，当事人应提供证据并可以进行申辩。
追究刑事责任
对于非法处置查封、扣押、冻结财产的行为，根据《刑法》第314条，情节严重的，可处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金。司法工作人员如违反规定私自处理查封、扣押、冻结的财物及其孳息，将依法追究刑事责任；不构成犯罪的，给予处分。
解除查封
在某些情况下，如果查封措施被认定为违法，法院可以解除对财产的查封，以恢复财产的正常状态。
在处理查封程序违法的问题时，建议当事人及时咨询专业律师，获取法律帮助，并按照法律程序进行申诉、控告或赔偿申请，以维护自己的合法权益。