修改PE程序可以通过以下步骤进行：
挂载PE镜像
使用Dism工具挂载PE镜像文件。打开Dism，选择“文件”->“挂载镜像”，然后选择从ISO提取出来的Wim文件以及挂载目录。注意不要选择只读模式，否则只能提取而不能进行修改。
修改注册表
提取内部注册表文件，例如`setupreg.hiv`，并使用REGEDIT打开。加载提取的注册表文件，进行所需的修改，然后卸载配置单元。
添加或修改程序
将需要添加或修改的程序放入WinPE的相应目录中。例如，将绿色软件放入`\Windows\System32`目录下，并确保配置文件（如`pe.ini`或`winpe.ini`）正确设置。
打包修改后的PE
使用CAB打包工具将修改后的文件重新打包为新的PE映像文件。确保目标文件名和扩展名正确。
测试修改后的PE
在虚拟机或实际硬件上测试修改后的PE，确保所有程序和功能正常运行。
备份重要数据
在进行任何修改之前，务必备份重要数据，以防修改过程中出现问题。
请注意，修改PE系统可能会导致系统不稳定或无法启动，因此建议在修改前仔细了解相关操作，并在测试环境中充分验证修改效果。