小程序的收费方式主要有以下几种：
固定费用
认证费用：300元/年。
服务器费用：云开发（小程序自带云开发功能）费用较低，云主机费用根据配置不同，最低配置约500元/年。域名和证书费用根据具体情况而定，证书有免费和付费两种。
开发费用：根据人员配置和需求，费用在4-5人，工资约8千至1万元/月，一线城市价格更高，约4万至5万元。
企业版和商城版小程序：企业版1999元/年，商城版费用更高，具体根据需求功能而定，最低费用1999元/年，买一年送一年。
按量计费
用户服务次数：根据用户使用的服务次数进行收费。
阶段性收费
分阶段收费：按照小程序制作的不同阶段进行分期收费，包括策划、设计、开发、上线等阶段，每个阶段结束后进行确认并收取相应费用。
按工时收费
工时收费：按照小程序制作过程中所耗的工时进行收费，这种方式较为灵活，但预估成本相对不够精确。
其他费用
短信功能费用：如果需要短信功能，微信平台会按照短信条数收费。
第三方沟通工具费用：如需更高级的在线客服功能，需要借助第三方工具，费用按年收费。
支付手续费：官方默认费率是千分之六，但可以申请到更低的费率。
建议
选择合适的开发模式：根据需求和预算选择企业版、商城版或自行开发。
预估运营成本：考虑服务器、推广、客服和维护等运营成本。
提前规划：对于复杂功能的小程序，建议提前规划并咨询专业人士，以避免后期产生额外费用。