小程序店铺的缴税流程主要涉及以下几个方面：
增值税
小程序商城的销售收入需要按照一定比例缴纳增值税。根据《增值税暂行条例》和相关法规，混合销售额的增值税率为6%。
商家应开具发票，未开发票的收入也需要缴税。
个人所得税
如果商家通过小程序商城获得收入并达到纳税起征点，需要根据《个人所得税法》的规定缴纳个人所得税。
商家可以根据相关法规享受一定的税收优惠政策。
对公账户进出账
对公账户的进出账不需要缴税，但收入所得需要按照一定比例缴税。
其他税费
除了增值税和个人所得税外，还可能涉及其他附加税，如城建税等，具体税额取决于利润和进项税额。
开具发票
商家需要为销售商品或提供服务开具发票，甲方提现时，甲方应开具发票给工作室（中间商）。
税务责任
如果工作室仅作为中介，代收客户款项再转给甲方且没有从中获取额外收入，可能无需缴税，但需确保资金流向清晰，符合相关法律法规。
若工作室从中获取了服务费或其他收入，则需按税务规定缴纳相应的增值税和个人所得税。
建议
合规经营：商家应严格遵守相关法律法规，确保所有经营活动都在法律允许的范围内进行，避免逃税漏税。
合理避税：在合法合规的前提下，商家可以合理利用税收优惠政策，降低税负。
规范发票管理：商家应确保所有销售活动都开具发票，以便准确计算和申报税款。
保持透明度：商家应保持财务和资金流向的透明度，以便税务机关监督和审计。
通过以上步骤和建议，小程序店铺可以更好地进行税务申报和缴纳，确保合法合规经营。