处理违建程序违法的情况，可以采取以下步骤：
立案调查：
政府执法机关在发现违法事实或接到举报后，应作出立案决定，并进行调查取证。这包括了解建筑物的位置、面积、用途、使用情况等，并取得相关的工程、用地、施工等许可资料。
通知当事人：
将违法事实告知违法当事人，并告知其享有复议和诉讼的权利。如果当事人要求听证，应举行听证。
作出处罚决定：
在调查终结后，如果确定建筑属于违法建筑且对城市规划的影响程度，执法机关应依法作出行政处罚决定。对于程序违建，可以限期改正并补办手续，同时处以建设工程造价5%以上10%以下的罚款；对于实质违建，则限期拆除，不能拆除的，可以没收实物或违法所得，并处10%以下的罚款。
催告与拆除：
当事人在法定期限内既不复议、不诉讼又不拆除的，行政机关应依法作出强制执行公告，并强制拆除违法建筑。在强制拆除前，应先通知当事人自行拆除，并在当地张贴公告，确保程序合法。
法律救济：
如果执法部门未按程序直接强制拆除，即使该房屋经规划部门认定确属于违建，该行政行为也是不合法的。当事人可以申请确认行政行为违法并申请行政赔偿。
通过以上步骤，可以确保违建程序违法得到合法、公正的处理，既维护法律的严肃性，又保障城市建设的有序性。建议违建当事人积极配合执法机关的调查和处理，以避免不必要的法律后果。