程序违法的整改方法主要取决于违法的性质、严重程度以及具体的法律法规。以下是一些常见的整改方法：
行政复议
行政相对人如果认为行政行为存在程序违法，可以在知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请。行政复议机关应当审查并可能撤销或变更该行政行为。
行政诉讼
如果行政复议的结果不满意，或者行政复议机关逾期不作出决定，行政相对人可以依法向人民法院提起行政诉讼，要求法院对行政行为的合法性进行审查，并作出相应的判决。
内部改正
对于行政机关或法官的程序违法行为，上级行政机关或有关部门有权责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
重新作出决定
在某些情况下，如行政许可或行政处罚因程序违法被撤销后，相关部门需要重新作出具体行政行为。
协商解决
对于一些程序违法案件，当事人可以通过协商解决问题，达成新的协议，以避免进一步的法律纠纷。
确认违法事实
仔细梳理违法行为的具体环节和行为，明确违法事实，为后续的法律救济提供依据。
遵守法律程序
在整个过程中，当事人应当注意保留相关证据和文件，遵守法律程序，并按照法院的判决执行相关义务或维护自身合法权益。
建议
及时行动：一旦发现程序违法行为，当事人应及时采取措施，避免违法行为扩大化。
收集证据：妥善保存与违法行为相关的所有证据，以便在需要时能够提供充分的证据支持自己的主张。
寻求专业帮助：在处理复杂的法律问题时，建议咨询专业律师，获取更具体和专业的法律建议。
通过以上方法，可以有效地对程序违法行为进行整改，维护自身合法权益，并促进法律的正确实施。