当程序员请病假时，公司应按照以下步骤和规定处理：
及时请假
员工应及时向所在部门的主管或直属领导请假，说明请假原因及预计请假时长。这是确保请假流程顺畅的第一步。
提供医疗证明
员工需要按照公司规定的流程，填写请假申请表，详细填写请假起止时间、病情等相关信息，并附上医生开具的病假证明。这些证明材料应能明确显示员工的病情以及需要请假治疗的必要性。
审核请假申请
请假申请表经部门主管签字确认后，提交至人力资源部门。人力资源部门会对请假申请进行审核，确保其符合公司的请假规定，如病假的时长、是否需要提供进一步的医疗证明等。
通知相关部门
人力资源部门会将员工的请假情况及时告知相关部门，以便工作的合理安排。这有助于确保公司其他业务的正常运转。
病假期间的待遇
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。病假工资通常不得低于当地最低工资标准的80%。
长期病假的处理
对于长期请病假的员工，公司应了解其病情状况，判断其是否符合病假的相关规定。若发现员工存在恶意请病假等违规行为，公司应及时进行调查和处理，维护公司的正常秩序和其他员工的权益。
复工手续
当员工结束病假返回工作岗位时，应向公司提交病假结束的通知，并按照公司的规定办理相应的复工手续。这有助于确保员工顺利回归工作岗位，同时也有助于公司了解员工的恢复情况。
沟通与协商
如果员工的病假情况较为复杂或存在争议，公司可以与员工进行沟通协商，或者寻求专业的人力资源咨询或法律意见，以确保双方的权益得到妥善处理。
通过以上步骤和规定，公司可以确保员工请病假的流程合理、合法，同时保障公司的正常运营和员工的权益。