如果发现鉴定程序违法，可以采取以下措施：
提出异议
如果鉴定行为尚未结束，可以立即指出其取证方法违法法定程序之处，并提出异议申请排除非法证据。
如果鉴定行为已经结束，可以申请重新鉴定，并明确指出原鉴定程序违法的具体情形。
申请重新鉴定
经审查，如果发现鉴定程序违法或违反相关专业技术要求，可以申请重新鉴定。重新鉴定应当另行指派或聘请鉴定人。
投诉和监督
如果司法鉴定机构违法违纪进行司法鉴定活动，可以向省级司法行政部门投诉。司法行政部门可以对其违法行为进行调查和处理，甚至使得原鉴定结论作废或司法鉴定机构主动撤销违法的鉴定结论。
行政复议或诉讼
可以向做出违法鉴定的公安机关的上一级机关申请复议，或者向做出机关的同级人民政府申请复议。
如果对复议结果仍不满意，可以进一步通过司法诉讼的形式维护自身合法权益。
保存证据
在整个过程中，应当妥善保存能够直接证实程序违法的相关证据，例如鉴定环节中的错误操作行为记录、违规文件等，以便在需要时提供支持。
通过以上步骤，可以有效地处理鉴定程序违法的问题，并维护自身合法权益。建议尽早采取行动，以免证据丢失或影响案件处理。