计算机储存程序的方式主要基于二进制系统，具体过程如下：
二进制存储：
计算机的所有程序和数据都是以二进制的形式存储在计算机的外存储器上。二进制是一种以2为基数的记数系统，只使用两个不同的符号0和1来表示信息。
存储程序概念：
程序存储通常以二进制的形式保存，程序操作所需的计算机程序和数据以二进制形式存储在计算机内存中。当计算机执行程序时，不需要人工干预，就可以自动连续执行程序，并获得预期的结果。
内存与外存：
程序和数据可以存储在内存（RAM）或外存（如硬盘、U盘等）中。当计算机执行程序时，首先从内存中取出第一条指令，然后按照指令的要求从存储器中取出数据进行运算和逻辑操作，并将结果送回内存中。接着，再取出第二条指令，依此类推，直到遇到停止指令。
存储器与CPU：
存储程序原理也叫“存储程序”工作方式，即将程序和数据以同等地位放入存储器中，CPU根据指令周期的不同阶段来区分指令和数据。程序预先存入存储器中，计算机在工作中从程序首地址取出第一条指令并加以执行，然后按照该程序的规定顺序执行其他指令，直至程序结束执行。
总结起来，计算机通过二进制形式将程序和数据存储在内存和外存中，并由CPU按顺序读取和执行，从而实现自动化的程序操作。