基层治理存在的问题主要包括以下几个方面：
部门权责不清，工作推诿滞后
部门之间职责划分不明确，导致问题处理缺乏效率和协同性，群众办事需多处奔波。
政策信息不对称，基层治理难实施
政府的政策和决策未能充分传达给居民，导致居民对政府工作不了解和不满。
干部不正之风，危害治理效果
基层政府中个别基层干部素质不高、腐败现象严重，影响治理效果。
缺乏行之有效的制度
一些已有制度未能得以落实，相关政策的具体操作还有待制定。
政策落实不到位
基层治理相关法律法规或政策指导等尚未得到地方政府或社区层面的充分重视和有效落实。
行政职能不明确
社区组织中各部门职能分工不明确，难以形成有机的组织体系，影响公民参与的积极性和主动性。
社区治理人力缺乏
许多社区缺乏专业的行政和运营管理人员，难以满足公共设施管理和维护的需求。
党建引领机制还需完善
基层党组织对基层治理的全面领导和统筹协调还需进一步强化，部分基层党组织软弱涣散。
村居善治建设存有短板
村（居）民委员会建设不规范，村（居）务公开不到位，基层群众自治架构与组织体系衔接不畅。
矛盾风险防范尚不到位
基层社会矛盾风险呈现低燃点、多领域、易激化等特点，防范措施不够完善。
多元参与治理有待加强
基层治理队伍总体学历层次不高、专业知识不足，群众参与基层治理的意愿较弱。
信息平台应用仍有差距
基层治理各相关部门信息系统尚未实现有效的互联互通，存在“信息孤岛”现象。
组织架构不够完善
随着经济社会的发展，基层治理面临的挑战逐渐增多，组织架构不够完善，影响治理效率。
基层党组织的领导力不足
部分基层党组织在成员构成上力量薄弱，缺乏具有强领导力和执行力的党员干部。
党组织与群众的联系不够紧密
部分基层党组织与群众的联系不紧密，缺乏有效的沟通渠道，群众参与度低。
基层治理创新能力不足
一些基层党组织在开展治理工作时，仍然依赖传统的行政管理模式，缺乏创新手段。
村党组织书记的能力短板
部分村党组织书记创新意识不强，缺乏集体经济发展思路，工作方式老旧，违纪违法现象增多。
综上所述，基层治理存在的问题涉及多个方面，需要政府、社区和居民共同努力，从制度建设、信息公开、干部培训、组织优化等多方面入手，推动基层治理的改进和进步。