《鬼子来了》被禁的原因是多方面的，主要包括以下几点：
历史和政治敏感性：
电影在处理抗日战争这一敏感历史题材时，没有表现出中国百姓对侵略者的仇恨和反抗，反而突出展示和夸大了其愚昧、麻木、奴性的一面。这种与主流媒体所宣扬的方向相左的表达，使得电影在审核过程中遭遇了阻碍。
内容真实性：
电影中的一些情节和人物表现被认为过于荒诞和真实，暴露了人性的丑陋，这可能触碰到某些敏感神经，导致电影被禁。
未经批准的国外奖项评选：
姜文在未获得国家允许的情况下，带着影片参加戛纳电影节并夺得评委会大奖，这一行为可能被视为违反了相关规定，导致电影被禁。
丑化中国人形象：
有观点认为电影丑化了中国人的形象，扭曲了历史，挑出了几十条问题需要整改。
个人行为与官方立场的冲突：
姜文作为导演，其个人行为和电影表达与官方的意识形态和宣传口径存在冲突，这种冲突可能是电影被禁的另一个原因。
综上所述，《鬼子来了》因其独特的视角和表现手法，以及在处理历史和政治题材上的敏感性，最终导致了被禁的结果。尽管电影在艺术上获得了认可，但其在政治和意识形态上的挑战仍使其难以在国内上映。