南斯拉夫大使馆被炸的真正原因存在多种猜测和解释，但较为可信的原因包括以下几点：
美国军方怀疑：
美国军方怀疑南军方的指挥电台正在利用中国驻南使馆的通讯系统指挥南联盟各抵抗部队。此外，美军方情报部门声称，中国的一种先进雷达设备被秘密安装在中国驻南大使馆的地下室，这套设备理论上可以探测到美隐形战机，从而使得美军各型号的战机其一举一动尽数被中国人掌握。
北约的战略目的：
北约想通过打击中国影响南联盟和俄罗斯，试探中国的反应。中国公开在联合国谴责这场战争，并且越来越深地介入这场战争，这使得美国需要采取行动阻止中国人的过深介入。
误炸说法的疑点：
虽然美方称这是一次“误炸”，但这一说法存在诸多漏洞。美方给出的三大失误原因（目标定位失误、数据库缺陷、审查程序未能奏效）难以令人信服。此外，中国大使馆距离北约轰炸的真正目标南斯拉夫军事总指挥部仅有180米，且两个建筑物的大小形状十分相似，这使得“误炸”一说难以成立。
政治和军事背景：
科索沃战争是北约东扩的结果，其目的之一是压制俄罗斯，并进一步钳制中国。美国轰炸中国大使馆可能是这一重大战略决策中的一步。
综合以上几点，可以得出结论：南斯拉夫大使馆被炸并非单纯的“误炸”，而是有着更深层次的政治和军事原因。美国及其盟友可能希望通过这一行动向中国政府施压，并试探中国在科索沃战争中的立场和反应。