李菁退出德云社的原因主要有以下几点：
内部矛盾和利益冲突：
李菁提到，德云社内部存在面和心不和的情况，各种利益关系让他觉得相声变了味。此外，有观点认为，李菁与郭德纲在经营理念上存在分歧，郭德纲决定走商业路线，而李菁对此不太同意。
排挤和边缘化：
李菁在一次采访中透露，负责安排演出的不联系他了，这让他无法上台演出，从而影响到了收入。这种排挤让他感到无奈和不满。
艺术生涯瓶颈：
李菁在离开前的几个月里，和搭档何云伟接连几个月没有登台表演，这让他意识到自己的艺术生涯正遭遇瓶颈。
经营理念分歧：
李菁认为相声演员的名气可以吸引更多的人才加入，而不应该通过收取学费来维持运营。他对郭德纲开始收取学费来维持企业运营的做法感到不满。
个人追求和发展：
李菁表示，他离开德云社的初衷是想要干点自己喜欢的事情，而不是继续留在一个让他感到受限的环境中。
综合以上几点，可以看出李菁退出德云社的原因是多方面的，包括内部矛盾、利益冲突、排挤、艺术生涯瓶颈以及个人追求和发展等。