马琳被国乒除名的主要原因涉及多方面因素，以下是详细分析：
退赛风波：
2017年6月，中国乒乓球公开赛上，秦志戬和马琳主导了一场退赛风波。这次退赛被看作是触碰了体育政治的敏感线，导致重大后续影响。事件之后，所有参与者都面临了相应的纪律处分，马琳逐步被边缘化，最终被国乒除名。
刘国梁的调任：
2017年6月底，刘国梁因为国乒扁平化改革不再出任国乒总教练职位，这一变动引起了广泛的情绪反弹。不久后，马琳正式被国乒除名。
管理层变动：
国乒推行管理层扁平化改革，导致刘国梁卸任总教练职务，这一变动使得马琳等教练员和球员受到了严重的处罚，最终被除名。
社交媒体事件：
在退赛风波中，马琳和秦志戬等人在社交媒体上明确表示对刘国梁的支持，这种行动被视为触碰了体育政治的敏感线，导致了重大的后续影响。
执教表现：
马琳在担任中国女乒主教练期间，如2024年亚锦赛中国女兵1-3不敌日本队，他在临场指挥和战术调整上被指存在不足，遭到球迷和媒体批评。
综合以上因素，马琳被国乒除名的原因是多方面的，包括退赛风波、刘国梁的调任、管理层变动、社交媒体事件以及执教表现不佳等。这些因素共同作用，最终导致马琳离开了国乒教练岗位。