《河神2》的结局中，幕后主使范君尧最终被揭露并受到惩罚。在剧情的高潮部分，郭得友和丁卯等人在龙王大会上揭露了范君尧的罪行。范君尧作为被祭祀的水命女子的儿子，他的行为都是为了报复十几年前的往事，利用白磷弹在祭祀中引发灾难。最终，范君尧在龙船内被擒，他的计划也随之破产。
在结局部分，郭得友在解决恶水之源爆炸问题的过程中，潜入水中深处剪断了炸弹上的一根导线，但炸弹是否真正爆炸并没有明确展示。故事以郭得友与一个变异的连化青搏斗并逐渐沉入河底深处作为结尾，而其他人则安全地离开了河岸。
此外，剧中还有一些未解之谜和悬念，例如“九牛二虎一鸡”的秘密逐渐浮出水面，但尚未完全解开。这些悬念可能为第三季的剧情发展埋下了伏笔。
总体来说，《河神2》的结局虽然揭露了主要罪犯并给观众带来了一定的满足感，但同时也留下了一些未解之谜，为未来的剧情发展留下了空间。