一级主任科员和二级主任科员都属于正科级别，但存在一些区别，主要体现在以下几个方面：
职务与职级的区别
一级主任科员和二级主任科员都是正科，但一级主任科员通常被认为是“大正科”，而二级主任科员是“小正科”。一级主任科员在职务层级上高于二级主任科员。
二级主任科员对应实职正科级的最低级，俗称“小正科”。
工资待遇
基本工资：一级主任科员的职级工资为1780元/月，二级主任科员为1570元/月，两者相差210元/月。级别工资方面，一级主任科员对应的级别从二十一级至十五级，最低1831元，最高5435元；二级主任科员对应的级别从二十二级至十六级，最低1705元，最高5075元，通常每月差距在100元左右。
津补贴：在同一地区，一级主任科员和二级主任科员的标准是一样的，对应的都是正科级领导职务的待遇。部分津补贴标准一致，如车补、物业、通讯等，但由于一级主任科员职级更高，部分津补贴标准略有不同，月差额约100元上下。
奖金：公务员的奖金相差不大，年度考核称职以上的奖金（十三薪）和考核优秀的嘉奖金额相差不大，但目标责任制考核奖的系数可能会有所不同，导致一定的收入差距。
晋升渠道
一级主任科员主要有两种晋升渠道：一种是由纯职级的二级主任科员晋升而来，另一种是实职正科级干部晋升而来。前者多存在于省直以上机关，后者多存在于市直以下机关。
领导职责与职权
一级主任科员和二级主任科员在公务员体系中并不担任领导角色，也不具备领导权力。他们作为正科级干部的一部分，仍然需要服从副科长、科长的领导，并按照上级的指示执行工作任务。
其他待遇
因缴费基数不同，一级主任科员和二级主任科员在公积金方面也会存在细小的差异。
综合来看，一级主任科员和二级主任科员在职务层级、工资待遇、晋升渠道等方面存在一定差异，但总体来说，一级主任科员在职务和待遇上略优于二级主任科员。建议根据个人情况和职业规划选择合适的职级。