2020年下半年深化医药卫生体制改革的主要工作任务包括：
加强公共卫生体系建设
改革完善疾病预防控制体系：优化完善疾病预防控制机构职能设置，改善基础条件，强化各级医疗机构疾病预防控制职责，增强公立医院传染病救治能力，推动医防机构人员通、信息通、资源通。
完善传染病监测预警系统：实行传染病报告首诊负责制，改进不明原因疾病和异常健康事件监测机制，推进建立智慧化预警多点触发机制，加强军地间和部门间传染病监测预警信息通报。
健全公共卫生应急物资保障体系：增加防疫救治医疗设施和移动实验室，加强药品和医疗防护物资储备，提升核酸检测能力，推进医疗机构发热门诊改造，推动落实“三区两通道”要求。
做好秋冬季新冠肺炎疫情防控：指导各地提早制定具体方案，加强人员培训和应急演练，压实“四方责任”，做好“五有三严”等工作。
深入实施健康中国行动
持续改善生产生活环境：加强重点人群健康促进，提升慢性病防治水平，加大传染病、地方病、职业病等防治力度。
深化公立医院综合改革
健全医疗卫生机构和医务人员绩效考核机制：建立和完善医疗服务价格动态调整机制，深化薪酬制度和编制管理改革，落实政府对符合区域卫生规划的公立医院基本建设和设备购置等投入政策，加大对中医医院、传染病医院的支持力度。
深化医疗保障制度改革
促进医疗、医保、医药协同发展和治理：加快建设分级诊疗体系，推进紧密型医联体建设，强化基层医疗卫生服务等。
健全药品供应保障体系
推进药品集中带量采购：通过集中带量采购降低药品价格，减轻患者负担。
统筹推进相关重点改革
扎实开展城市医疗集团试点工作：印发试点实施方案，建成城市医疗集团，新建国家级和省级临床重点专科，优质医疗资源有序下沉。
深化中医药工作机构改革：设立市中医药管理局，成立市中医药传承发展中心，推进中医药产业发展。
这些工作任务旨在通过深化医药卫生体制改革，提升公共卫生体系能力，优化医疗资源配置，提高医疗服务效率和质量，解决看病难、看病贵问题，为打赢疫情防控阻击战提供有力支撑。