花子君杀死柚木司的主要原因是为了保护他所喜欢的人宁宁。柚木司对哥哥的占有欲非常强烈，当宁宁出现后，他感到哥哥的心被宁宁夺走，因此可能产生恶意甚至威胁她的生命。为了保护宁宁，花子君选择了杀死自己的弟弟。
此外，花子君杀死柚木司也可能与他内心的挣扎和痛苦有关。柚木司脑中有一些可怕的想法，这些想法可能会影响到世界的运转，这让花子君感到恐惧。同时，花子君也担心当时的驱魔师一族会对柚木司下手，出于保护弟弟的想法，他只有成为和柚木司同样的存在才能保护他。
最后，花子君杀死柚木司后，自己也深感罪孽深重，为了偿还，他成为了替生者实现愿望的七大不可思议之一。
综上所述，花子君杀死柚木司的主要原因是保护宁宁，同时也有对柚木司可怕想法的恐惧以及对自己罪孽的偿还。