慈禧的满棺珍宝主要流向了以下几个方向：
被盗掘并瓜分
慈禧墓在1928年被军阀孙殿英盗掘，大量珍宝被其将军们瓜分。孙殿英为了筹措军费，将部分珍贵文物售予国内外商人，其中不少珍品最终流落海外。
流入“四大家族”
部分珍宝在被盗后，据传流入了当时的“四大家族”——张家、翁家、秦家和孙家。这些家族通过各种手段，将珍宝据为己有，并秘密藏匿。
被带到国外
慈禧口中的夜明珠等稀世珍宝，在被盗后辗转流落到宋美龄手中，被当做鞋饰，随即不知去向。此外，翡翠西瓜也被带到了美国，估计后来卖给了美国人。
罚没与上缴
部分宝物在被走私出境时被天津海关查获。盗陵案曝光后，为平息舆论，孙殿英主动上缴一部分宝物给上司徐源泉，包括鼻烟壶、珠翠镯子和翡翠饰品等。
秘藏
有传闻称，孙殿英盗陵所得的大部分珍宝至今未现身，有传闻称这些宝物被藏在其上司徐源泉位于武汉黄陂的公馆密室中。1949年徐源泉随蒋介石撤退至台湾时，带走了一部分财宝，剩下的据称仍藏于密室中。
综上所述，慈禧的满棺珍宝主要被盗掘、瓜分、流入家族、带到国外、罚没、上缴以及秘藏。尽管有些珍宝已经追回或展示，但仍有大量珍宝下落不明，成为历史的谜团。