万历皇帝不上朝的原因是多方面的，主要包括以下几点：
身体健康问题：
万历皇帝患有严重的足疾，导致他的左腿比右腿短，且肌肉有严重萎缩现象，这使得他行走不便，无法长时间站立和参加朝会。
言官制度的弊端：
明朝的言官制度发展到顶峰，虽然他们的官职不高，但拥有极大的政治影响力。言官们为了获得名声，常常提出一些夸张且偏激的言论，甚至敢于骂皇帝和朝廷重臣。这种制度使得万历皇帝对朝会感到无奈和厌倦。
内阁制度的制约：
明朝的内阁能够处理大部分朝政事务，重大事情需要汇报给皇帝，但决策权仍然掌握在皇帝手中。这种制度使得万历皇帝感觉到自己的权力被削弱，对朝政逐渐失去兴趣。
复杂的政治局势：
明朝中后期，党争激烈，文官集团势力庞大，各方势力相互角逐。万历皇帝在诸多决策上受到重重阻碍，难以施展自己的政治抱负，导致他对朝政心生厌倦。
立嗣问题：
万历皇帝一心想要立自己喜爱的皇子为太子，但大臣们坚决要求立长子为嗣。这场激烈的争斗僵持多年，令万历皇帝心力交瘁，深感自己的皇权受到了严重挑战。
消极对抗的态度：
由于无法忍受朝臣的掣肘和压力，万历皇帝采取了消极对抗的态度，开始长期不上早朝，把自己关在深宫，拒绝理政。
综上所述，万历皇帝不上朝的原因是多方面的，既有身体健康的原因，也有政治制度和局势的影响。这些因素共同作用，使得万历皇帝逐渐对朝政失去兴趣，最终选择不上朝。