日本姓氏的由来可以追溯到古代氏族制度。最初，“姓”主要用来表示家族血缘关系或社会身份。随着社会发展，姓氏逐渐演变成了一种标识，用以区分不同家族或地域的居民。奈良时代，天皇授予贵族姓氏，用以强化家族对国家的忠诚；而到了平安时代，姓氏开始逐步普及，成为全社会的文化符号。
古老贵族姓氏：
贵族姓氏通常与家族的政治地位、神话传说甚至地名紧密相关，具有极高的文化价值。例如：
藤原（ふじわら）：起源于奈良时代，是古代四大贵族之一，历史上多次出任摄政、关白。
源（みなもと）：源氏家族的姓氏，常见于平安和镰仓时代，与武士阶层息息相关。
平（たいら）：平氏家族的姓氏，与源氏齐名，在日本历史上具有重要影响。
平民姓氏的形成：
平民姓氏的普及始于江户时代。当时，为了便于户籍管理和税收征收，要求平民选择姓氏。
姓氏的复杂来源：
日本姓氏的来源十分复杂，一般来说，来源主要分为两类：自古就有的，以及从《苗字必称令》后创立的。日本的大姓大多是由日本战国各个贵族、名人、大名和其重臣发展来的。
明治维新后的变化：
明治维新后，日本受到西方资本主义工业文明的冲击，开始全面学习西方文化，政府意识到没有姓对编造户籍、课税征役非常的不方便，于是在明治三年（公元1870年）作出“凡国民，均可起姓”的决定，但响应者寥寥。到了明治八年（1875年），政府颁布强制性的《苗字必称令》，规定“凡国民，必须起姓”，这个时候，日本平民才开始拥有自己的姓氏，全国上下也兴起了一股取姓热潮。
综上所述，日本姓氏的由来与古代氏族制度、贵族地位、地名、官职等多种因素有关，经过漫长的历史演变，最终在明治维新后普及到所有国民。