《异星觉醒》的结局存在多个版本，具体如下：
版本一
男主角和女主角都回到了逃生舱，但女主角的逃生舱被陨石碎片击中，导致飞船脱离轨道。男主角在操控逃生舱时被卡尔文（外星生物）缠住，最后男主角和外星生物卡尔文回到了地球。女主角则因为偏离航线飞去了外太空，命运未知。
版本二
最后只剩下男主角和女主角两个人。男主角原本想要与外星怪兽同归于尽，让女主角成功返回地球，但结局时发生了反转。女主角驾驶逃生舱因撞击到太空残核而死，男主角被外星怪兽控制，最后返回地球的是男主角和怪兽。
版本三
幸存的两个宇航员并没有阻止外星怪物降临地球。原计划把怪物带到太空的男主角最后被怪物控制，无法操作，落入了地球的海里。女主角因为操作失灵，飞向太空，两人走出了与计划相反的方向，是一个绝望的结局。
版本四
男主角在操控逃生舱时被卡尔文缠住，最后男主角和外星生物卡尔文回到了地球。女主角因为偏离航线飞去了外太空，导演解释是因为男主角并没有伤害卡尔文，而卡尔文也想借助男主角了解人类。
综合以上版本，可以得出以下结论：
女主角的结局存在多种可能性，有的版本中她因意外死亡，有的版本中她飞向外太空，命运未知。
男主角最终与外星生物卡尔文一起返回地球，但过程中经历了被控制等情节。
建议观众在观看电影时，可以结合多个版本的结局来理解影片所传达的深层含义和导演的意图。