《斩赤红之瞳!》的漫画结局存在多个版本，具体如下：
塔兹米龙化后无法恢复原样，但恢复了意识并活了下来，玛茵也因为塔兹米的呼唤成功醒来，两人还有了孩子。赤瞳和黑瞳姐妹最后和好如初。最后，黑瞳和威尔走到了一起，艾斯德斯、切妹、雷欧奈等一众妹子还是战死沙场，但这个结局相比动画已经较为仁慈。
雷欧奈在漫画中是在赤瞳知道的情况下离开，同样是在夜里孤独地倒地死去，但嘴角的笑容说明这是她最好的归宿。浪漫炮台都被摧毁，玛茵在漫画中变成植物人，在大战结束数月后醒来。塔兹米被恶鬼缠身同化，在村雨的攻击下，龙的灵魂消失，但塔兹米的意识保留在了龙的躯体里。威尔在漫画中阻止了姐妹残杀，战斗结束后负责照顾黑瞳，最终成为人生赢家。
玛茵变成植物人，但最终恢复神志，跟龙化的卡兹米带着两人的孩子生活在一起。这个结局与动画中的结局有所不同，但同样展现了角色们的成长和牺牲。
漫画最终话中，蕾欧娜在处决完大臣后和赤瞳告别，在酒馆痛苦喝一场后孤独去世。这个结局较为悲情，但也展现了蕾欧娜内心的坚强和牺牲精神。
综合来看，漫画的结局虽然有所不同，但都展现了角色们的成长和牺牲，以及他们对新国家的贡献和爱情。相比动画，漫画的结局更为仁慈和圆满，特别是塔兹米和玛茵最终在一起，以及威尔成为人生赢家等情节，都让人较为满意。