菩提祖师的真实身份存在多种猜测，以下是几种主要的观点：
如来佛祖
菩提祖师是如来佛祖的化身。孙悟空在西牛贺洲遇到了菩提祖师，而西牛贺洲是如来的地盘。此外，菩提本身是佛家用语，他出现在佛家地盘上，因此可以推测他是佛教的人。孙悟空和唐僧一样，是如来布下西天取经计划的两颗棋子，菩提祖师作为孙悟空的师父，其真实身份很可能就是如来佛祖。
准提道人
菩提祖师可能是西方教的准提道人。这种说法的理由主要是《封神演义》中对西方教准提道人的称呼。菩提祖师精通三教诸子百家，法力无边，这与准提道人的形象相符。
通天教主
菩提祖师是截教的通天教主。这种说法的理由是“有教无类”的思想，与通天教主的思想相符。
大觉金仙
菩提祖师是大觉金仙，即混元大罗金仙，又称天道圣人。圣人是修仙链顶端的大神，拥有毁灭天地、再造乾坤的无边法力。菩提祖师能够仅凭三年时间培养出大闹天宫的孙悟空，这显示了他作为天道圣人的强大法力。
佛祖之师
菩提祖师可能是佛祖之师。他的名号菩提来自佛教用语，且他提到的门下有十二个字，其中第六个字是“如”，与如来佛祖的名字相同，这表明他可能与如来佛祖有深厚的师徒关系。
天外仙宗
菩提祖师可能是天外仙宗的创始人或重要成员。他的住所斜月山洞的门楣上刻着“斜月三星洞，灵台方寸山”，这些名字可能暗示了他与佛教和道教都有深厚的联系。
综上所述，菩提祖师的真实身份存在多种可能性，包括如来佛祖、准提道人、通天教主、大觉金仙、佛祖之师和天外仙宗等。每种说法都有其合理性，但都没有确凿的证据来证明其中一种说法是绝对正确的。因此，菩提祖师的真实身份仍然是一个谜团，值得进一步探讨和研究。