陈行甲辞职的原因是多方面的，主要包括以下几点：
身体原因：
陈行甲自称患有严重的焦虑症，并因此受到医生的建议辞职。然而，有观点认为他的辞职与身体原因关系不大，因为即使身体状况不佳，也可以请假休息或治疗，而不必完全辞去公职。
受到上级领导的打压：
陈行甲在任期间得罪了太多人，导致他在官场中受到来自上下两方面的巨大压力。有说法称他受到了州里两个上司的打压，才不得已辞职。
官场环境的压力：
陈行甲在巴东县的工作经历非常复杂，他面临着来自腐败分子的威胁和上级领导的打压，这使得他感到在官场中难以继续工作下去。
理想与现实的冲突：
陈行甲有着强烈的理想主义情怀，但在当时的政治环境下，他的理想主义受到了极大的挑战。他感到自己无法继续在这种环境中工作，因此选择了辞职。
转向公益事业：
陈行甲辞职后，投身于公益事业，特别是在解决因病致贫的问题上。他认为自己的辞职是一种无奈的选择，但也是他实现理想的一种方式。
综合以上几点，陈行甲的辞职是多种因素共同作用的结果，既有身体和心理上的原因，也有官场环境的压力和理想与现实的冲突。他的辞职既是一种选择，也是一种无奈。