《魔卡少女樱 透明牌篇》的结局中，小樱在梦中遇到的神秘人最终揭晓为她的好友秋穗。秋穗与小樱有着惊人的相似之处，并且她近期的梦境似乎与小樱的生活紧密相连。在一系列紧张的事件后，小樱发现秋穗就是神秘人，而这一切实际上是海渡先生在背后操控。海渡先生利用魔法停止了时间，并感叹卡牌数量不足，无法发动更强大的魔法。在剧情的高潮部分，小樱在坠落中揭开了秋穗的面纱，而海渡先生则使用时间倒流魔法将时间倒回到小樱吹头发的那一刻，从而改变了即将发生的事件。
此外，结局中还包含了一些甜蜜的元素，如小狼和小樱的感情得到了进一步的发展，以及观月老师艾利欧和其他角色的加入。最终，透明卡牌被小樱用来将世界改写成她和小穗是孪生姐妹的样子，但小樱迅速察觉并纠正了这一错误。透明卡牌最终消失，只留下飞翔牌，而小樱的牌也变成了透明牌。秋穗最终成为了小樱家的一员，哥哥木之本桃矢和审判者月也提供了帮助。
总体来说，透明牌篇的结局充满了紧张和惊喜，同时也带有一些甜蜜和温馨的时刻。故事以秋穗的真实身份揭露和海渡先生的干预作为高潮，最终小樱和秋穗的关系得到了进一步巩固，而小樱的魔力也得到了增强。