农村人居环境整治工作中存在的问题主要包括以下几个方面：
群众参与积极性不高
一些居民受传统生活习惯影响，对农村生活污水、生活垃圾造成的环境影响缺乏认识，主动性不强，存在“上边热、下边凉”的现象。
部分群众认为环境整治是政府的事，成为旁观者或局外人。
基础设施不健全
部分农村基础设施如道路、供水、医疗、养老等不完备，存在土坯房、道路破旧、医疗养老设施不足等问题。
农村垃圾处理设施、公共厕所、村内道路等基础设施建设滞后，缺乏必要的财力支持，导致环境脏乱差问题反复出现。
人力资源薄弱
乡村环境治理人力资源不足，从事环境整治的人员专业性不够强，参与整治能力有限。
农村医疗卫生设施建设不到位，部分村庄未按规划建设村卫生所，医生配备、产权、租赁方式、建筑面积等未达标。
环保意识不强
农民环保意识普遍不强，存在垃圾随意倾倒、农药和化肥过量使用、畜禽粪便排放等污染问题。
村民公共卫生意识和环保意识薄弱，对“脏、乱、差”现象长期视而不见。
资金保障不足
农村人居环境整治需要投入大量资金，但一些村庄自身无力承担清洁乡村活动的经费投入，导致设施无法正常运转及后期维护。
中西部农村由于资源有限，只能选取部分村庄进行建设，其余村庄缺乏相应的建设资金，且基础设施建设后的管护成本无人承担。
管理和维护机制不健全
农村污水处理设施未建立长效管护机制，长期稳定运营缺少持续的财力支持。
农村公厕未按标准建设及日常管护不到位，设施设备损坏未及时修理，管理制度牌标识缺失。
农村供水站日常管理薄弱，存在诸多问题。
区域发展不平衡
虽然总体上农村人居环境整治工作取得了一定成绩，但在区域之间、村庄之间仍然存在较大差距。
经济条件较好、基础较强的地区整治工作推进较快，效果明显；而经济条件较差、基础较弱的地区则进展缓慢。
综上所述，农村人居环境整治工作中存在的问题涉及群众参与、基础设施、人力资源、环保意识、资金保障、管理和维护机制以及区域发展等多个方面。要解决这些问题，需要从多方面入手，综合施策，提高群众的参与积极性，完善基础设施，加强人力资源建设，增强环保意识，加大资金投入，健全管理和维护机制，促进区域均衡发展。