在基层党组织建设方面，存在以下主要问题：
政治功能发挥不足：
一些基层党组织对新时代党的建设总要求理解不够深入，落实不到位，政治学习流于形式，缺乏深度和实效，导致政治引领作用弱化，在凝聚人心、推动发展、化解矛盾等方面的作用发挥不充分。例如，部分党支部“三会一课”制度落实不到位，学习内容与实际工作结合不紧密，党员参与度不高。
党组织意识淡薄：
一些基层党组织的党员中存在着思想觉悟低、党员责任心不足、党员参与热情不高等情况，导致他们缺乏党组织意识和党员意识，影响了基层党组织的建设和服务能力。
基层组织机构管理不规范：
一些基层党组织组织机构设置不规范、职责不明确，甚至存在闲置、半闲置或虚设基层党委、总支、支部等问题，致使基层党组织不够完整、有机、健康，全面发挥基层党组织作用的机制缺失。
管理工作存在不足：
一些基层党组织在党务工作、人员管理、组织认真等方面存在问题，如资料管理不规范、会议记录不全、人员考核不科学、经费管理混乱等，不仅滋生腐败，还影响了基层组织的工作开展。
带头人工作能力不足：
一些基层党组织的带头人存在水平不高、缺乏工作能力等问题。
组织教育活动不到位：
部分基层党组织生活、“三会一课”制度落实不够全面，存在重工作、轻学习的现象，特别是大多农村支部的组织生活流于形式，甚至一年到头都没有开展组织生活，导致一些党员对政治学习兴趣不浓，思想观念陈旧落后，宗旨意识淡化，没有归宿感和荣誉感。
党员先锋意识发挥不突出：
一些基层党组织不注重党员发挥先锋模范作用，有的党员党性淡簿、私心较重，只顾自身发展，帮扶作用没有有效发挥；有的党员纪律意识淡薄，特别是一些流动党员常年不缴纳党费或不愿意按规定标准缴纳、不参加支部生活。
党员干部教育管理松弛：
一些基层党组织落实“三会一课”制度不到位，支部组织生活不健全，对党员的教育管理手段比较落后，缺乏力度，造成党员纪律散漫。
办公活动经费缺乏：
一些农村支部由于经费缺乏，大多没有活动室，党组织对薄弱的基础设施建设看在眼里、急在心里，最后也只能停在嘴里。
党组织地位和作用“弱化”：
一些基层党组织对党建工作重视不够，存在重经济、轻党建的倾向，对党建工作责任制执行不力，党建工作“第一责任人”意识不强，“一岗双责”落实不到位。
针对这些问题，需要从加强政治理论学习、规范组织管理、提高党员素质、完善工作制度、增加经费投入等多方面入手，全面提升基层党组织的建设水平和服务能力。