小智在《精灵宝可梦》系列中拥有的神奇宝贝包括：
皮卡丘：
最初获得的伙伴，属性是电气，特性是静电。
妙蛙种子：
在第十话中获得，属性是草加毒，特性是茂盛。
小火龙：
在第十六话中获得，属性是火炎加飞行，特性是猛火。
喷火龙：
小火龙进化后的形态，属性是火炎加飞行，特性是猛火。
杰尼龟：
最初水系御三家之一，属性是水，特性是硬壳。
比雕：
保护常磐森林的神奇宝贝，属性是飞行。
拉普拉斯：
稀有神奇宝贝，后归还给原主人。
黏美龙：
强大的龙系神奇宝贝，后放生。
甲贺忍蛙：
最强水系神奇宝贝之一，人气超高。
索尔迦雷欧：
第一只神兽级精灵，后离开小智。
毒贝比：
未详细描述。
火爆猴：
第一只格斗系神奇宝贝。
巴大蝴：
第一只收服的神奇宝贝。
由基拉：
第一只准神级神奇宝贝，后归还给母亲。
绿毛虫、 铁甲蛹、 比比鸟、 大钳蟹、 鬼斯通、 火暴猴、 臭臭泥、 肯泰罗、 乘龙、 卡比兽、 赫拉克罗斯、 菊草叶、 火球鼠、 小锯鳄、 猫头夜鹰、 小小象、 傲骨燕、 木守宫、 龙虾小兵、 煤炭龟、 雪童子、 长尾猴、 胖胖翁、 树苗龟、 叉尾浮鼬、 小火猴、 天蝎、 双钳龙虾、 巴大蝶等。
这些神奇宝贝陪伴小智经历了许多冒险，并在各种对战中展现了各自的特色和实力。