弹道导弹和巡航导弹在多个方面存在显著差异，主要包括以下几个方面：
运行轨迹
弹道导弹：采用高抛物线轨迹飞行，发射后先垂直上升，到达一定高度后转为惯性飞行，最后以高速俯冲的方式击中目标。其飞行过程大部分时间处于大气层外，受空气阻力和敌方防空系统影响较小。
巡航导弹：在大气层内以巡航状态飞行，飞行速度较慢，飞行高度较低，通常进行亚音速超低空突防，也可以进行变轨飞行。
制导方式
弹道导弹：制导方式包括初始段制导、中段制导和末段制导，确保导弹在不同飞行阶段的精确性和命中精度。
巡航导弹：通常采用复合制导方式，如惯性制导、卫星制导、地形匹配制导和图像匹配制导等，具有高精度打击能力。
速度
弹道导弹：飞行速度极快，尤其是洲际弹道导弹，末端打击速度可以超过20马赫。
巡航导弹：飞行速度较慢，普遍不超过一马赫，亚音速飞行是其主要特征。
攻击模式
弹道导弹：主要用于战略打击，具有较大的破坏力和威慑力，射程远，能够攻击地球任何一个地方。
巡航导弹：主要用于战术打击，打击精度高，能够精确摧毁敌方设施，如机场、港口、指挥中心等。
突防方式
弹道导弹：利用速度突防，即使是洲际飞行也只需要半小时就能到达，短程的甚至只有几分钟，难以被拦截。
巡航导弹：依靠低空隐蔽突防，速度较慢，只要被发现，拦截就容易得多。
动力系统
弹道导弹：使用火箭发动机推动，导弹在上升段和下降段具有明显的弹道。
巡航导弹：采用多种动力方式，如涡扇和涡喷发动机、火箭发动机以及冲压发动机等。
任务差别
弹道导弹：作为三位一体核打击任务的重要载体，主要负责威慑，是核弹的主要载体。
巡航导弹：更多用于装载常规弹头，主要用于打击重要目标。
综上所述，弹道导弹和巡航导弹在飞行轨迹、制导方式、速度、攻击模式、突防方式、动力系统以及任务差别等方面存在显著差异。这些差异使得它们在不同的军事应用场景中各有优势，发挥着不同的作用。