天猫旗舰店和专卖店的主要区别体现在以下几个方面：
定义及特点
旗舰店：品牌商自己开设的店铺，通常代表品牌的官方形象。可以销售该品牌下的所有产品线，且拥有品牌授权。
专卖店：品牌商授权给第三方经销商开设的店铺，主要销售品牌的部分产品线。专卖店通常只拥有部分产品的销售权。
店铺标志
旗舰店：店铺标志通常为品牌logo，代表品牌官方形象。
专卖店：店铺标志可能包含品牌logo和经销商名称，表明其授权销售的身份。
产品种类
旗舰店：产品种类较为丰富，涵盖品牌下的所有产品线。
专卖店：可能只销售品牌的部分产品线，产品种类相对较少。
售后服务
旗舰店：售后服务通常由品牌商直接负责，消费者在购物时可以享受到更优质的售后服务。
专卖店：售后服务可能由经销商负责，服务质量可能有所差异。
价格策略
旗舰店：价格策略通常由品牌商统一制定，价格较为稳定。
专卖店：价格可能受经销商影响，存在一定的价格波动。
商标资质
旗舰店：入驻或购买天猫旗舰店，一定是自己持有商标，这个商标是国家颁发的。
专卖店：入驻或购买天猫专卖店，不一定要自己持有该商标，仅需要该商标的持有者出具授权认证书即可。
经营类目范围
旗舰店：可以售卖同一个商标品牌下的所有产品。
专卖店：只能经营单一产品类目下的产品。
运营主体
旗舰店：严格意义上说，是自有商标、品牌的企业。
专卖店：运营公司只是购买到了品牌的商标授权。
责任
旗舰店：要对品牌或公司负责。
专卖店：要对品牌负责，除了问题也会被品牌追责。
品牌差异问题
旗舰店：如果是自己的品牌，且只经营自己品牌的产品，一定要注册天猫旗舰店。
专卖店：需要品牌所有者或者公司正式授权，才可以进行开店。
商标归属
旗舰店：需要有国家商标局颁发的商标注册证或商标受理通知书，即注册商标。
专卖店：申请开设店铺必须拥有品牌拥有者签发正式授权书，授权书受地域限制。
综上所述，天猫旗舰店和专卖店在品牌代表、产品种类、售后服务、价格策略、商标资质、经营类目范围、运营主体、责任以及商标归属等方面存在明显的区别。消费者在购物时可以根据自己的需求和品牌信任度来选择合适的店铺类型。