雍正皇帝杀害隆科多的主要原因有以下几点：
权力过大：
隆科多在康熙晚年担任顾命大臣，与雍正皇帝关系密切，继位后位高权重，逐渐走向人生巅峰。他擅权结党，收受贿赂，触碰了雍正的底线。
结党营私：
隆科多暗中勾结年羹尧等人结党营私，严重威胁到了雍正的皇权。
贪污受贿：
隆科多贪污受贿，行为不检点，为国法所不容，也为雍正所忌恨。
自知罪孽深重：
隆科多在与沙俄谈判边境问题时，私藏玉蝶，被雍正发现其结党营私的证据，最终被圈禁至死。
政治斗争：
雍正执政后期的新政触犯了权贵阶层的既得利益，隆科多作为四爷党成员，在九子夺嫡期间支持雍正，但之后因权力过大而失宠，最终被雍正所不容。
综上所述，雍正杀害隆科多主要是出于对其权力过大、结党营私、贪污受贿等行为的忌恨和打击，以维护自己的皇权和统治稳定。