小产权房和商品房的区别主要体现在以下几个方面：
产权性质
小产权房：没有国家颁发的土地使用证和预售许可证，国土房管局也不会给购房合同备案，买卖不受法律保护。小产权房只有部分产权，无房产证，处分权的行使受到限制。
商品房：经国家批准建设，买卖受国家法律保护。商品房需要到房管部门办理房产证，购房者拥有全部产权，可自由处置房屋。
土地性质及费用
小产权房：通常建在集体土地上，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发。
商品房：土地为国家机关（国土资源局）批文登记备案的土地，购买商品房需要缴纳土地出让金。
转让与抵押
小产权房：转让需要补缴土地出让金，且不能办理抵押等他项权利。
商品房：可以自由进行转让和抵押，可以使用公积金贷款。
质量与保障
小产权房：建筑商为增加利润可能偷工减料，房屋质量不如商品房。
商品房：有国家批准的建设标准和质量监管，房屋质量有保障。
法律地位
小产权房：不是法律上的概念，只是人们在社会实践中形成的一种约定，买卖不受法律保护。
商品房：是法律上的概念，买卖、转让、抵押等行为均受法律保护。
贷款与税费
小产权房：不能办理贷款，只能一次性或分期付款。
商品房：可以办理按揭贷款，满足条件的还可以办理公积金贷款。
综上所述，小产权房和商品房在产权性质、土地性质及费用、转让与抵押、质量与保障、法律地位以及贷款与税费等方面存在显著差异。购买房产时，建议选择具有法律保障的商品房，以避免不必要的法律风险和经济损失。