深圳个人所得税的计算方法如下：
确定应纳税所得额
应纳税所得额 = 工资收入 - 各项社会保险费 - 起征点（5000元）。
应用税率和速算扣除数
根据应纳税所得额，应用相应的税率和速算扣除数计算应纳税额。
工资薪金所得适用3%至45%的超额累进税率。
经营所得适用5%至35%的超额累进税率。
利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得适用20%的比例税率。
计算应纳税额
应纳个人所得税税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
公司代扣代缴
公司在支付员工工资时，需要代扣代缴个人所得税，并向公司所在地税务机关缴纳。
实发工资
实发工资 = 应发工资 - 四金（社会保险费和住房公积金） - 缴税。
建议：
在实际操作中，建议咨询专业的税务顾问或使用税务部门提供的计算工具，以确保计算的准确性和合法性。