查重软件认定抄袭主要依据以下几种方法：
文字重复率检测：
查重软件通过将待检测论文与庞大的文献数据库进行比对，计算出文字重复率。一般来说，不同的机构和期刊对于重复率的容忍度有所不同。软件能够发现与已发表文献完全相同的文字部分，也能识别经过简单改写，如更换同义词、调整句子顺序等手段后的相似内容。
连续字符匹配：
许多查重系统设有敏感度阈值，如知网检测的基本要求是，每个段落中引用或抄袭的总文字数达到该段文字量的3%以上时，该段落中的重复内容才会被标红。此外，一些查重系统如万方和维普，会检测连续10个或13个字符的相似性来判定抄袭。
引用和改写检测：
查重系统能够分辨出引用和抄袭的区别。如果论文中正确地引用了某个资料，比如加了引号，注明了出处，那么查重系统就不会认为这是抄袭。相反，如果未正确引用，而是直接把别人的话或观点当成自己的，那么查重系统就会认定这是抄袭。
整体分析和结构检查：
查重系统会对论文进行整体分析，包括检查论文的结构、逻辑、用词等，以此来判断论文的原创性。如果发现论文中有大量内容与数据库中的资料相似，查重系统会给出一个较高的抄袭率，提示可能存在严重的抄袭问题。
语义相似性检测：
一些先进的查重系统采用基于内容的相似性算法，通过比较论文中的文本与数据库中的已发表文献进行比对，找出相似或相同的部分。这些算法通常会根据一些关键因素来判断哪些内容可能被视为抄袭，例如直接复制、句子连续出现、内容过于接近等。
不当引用检查：
查重软件不会标记出引用格式的错误或不规范引用。若引用他人研究未正确标注出处，或将他人结论视为自己观点呈现，即便查重通过，也属于抄袭。
综上所述，查重软件通过比对文字片段、检查引文规范和语言表达等方面来判断抄袭行为。然而，查重系统有其局限性，不能完全替代人工审查，因为系统只能根据比对结果进行判断，而无法理解论文的真正含义和作者的意图。